Sint-Jacobiparochie is ontstaan toen in 1505 de aangeslibde kwelders van het Bildt bedijkt en ontgonnen werden. Het gebied was eigendom van de Duitse graaf Georg van Saksen. De arbeiders voor de ontginning kwamen uit Holland en Sint-Jacobiparochie heette aanvankelijk Wijngaarden naar het dorp, nabij Sliedrecht, waar de groep arbeiders die in dit deel van het Bildt werkten, vandaan kwam. Zij beschikten over een kerkje dat toegewijd was aan Sint Jacobus de Meerdere. De naam van de patroonheilige ging over op het latere dorp Sint-Jacobiparochie of in het Bidts en Fries Sint-Jabik.
Volgens een andere lezing werd het dorp genoemd naar Jacoba, de echtgenote van Georg van Saksen. Of misschien is het beter te begrijpen als dat Sint Jacobus als patroonheilige werd gekozen, omdat deze dame Jacoba heette.
In 2018 was op 25 juli Sint Jacobiparochie het eindpunt van de estafette Camino der Lage Landen / Santiago aan het Wad die door het Nederlands Genootschap van Sint Jacob georganiseerd werd als een onderdeel van Leeuwarden Culturele hoofdstad van Europa. Vooralsnog bestaat er een eigen gedeelte op de website met opzet, verslagen etc. van dit evenement. De per 1 januari 2018 gevormde nieuwe gemeente Waadhoeke had een onderbord met “Santiago aan het Wad” geplaatst. (Zwarte Haan kreeg als onderbord “Finisterre aan het Wad”).
